Ab Ende März kommen die Zauneidechsen aus ihren Winterquartieren hervor. Die Paarungszeit zieht sich dann bis in den Juni hinein. Die Eier legt das Weibchen an sonnenexponierten – vegetationsfreien (häufig auch sandigen) Bereichen ab, damit sie sich durch Sonneneinstrahlung erwärmen. Ab Ende Juli und Anfang August schlüpfen die Jungtiere dann. Kurze Zeit später ziehen sich die ausgewachsenen Tiere wieder in ihre Winterquartiere zurück. Die Jungtiere folgen dann im Oktober.
Zauneidechsen sind tagaktive und wechselwarm. Sie wärmen sich also vor allem morgens in der Sonne auf. Bei schlechtem Wetter verstecken sie sich.

Vor allem der Lebensraumverlust macht ihr zu schaffen. Bebauung, Straßenbau, Verkehrsflächen etc. verkleinern die Habitate. Ebenso gefährden eine intensive Land- und Fortwirtschaft die Verbreitung der Zauneidechse. Verstecke sowie Lebensräume werden durch schwere Maschinen zerstört.
Kleinstrukturen, wie Totholz, Steinhaufen oder Hecken werden häufig entfernt. Darüber hinaus verringert sich die Zahl der Insekten, sodass es akut an Nahrung fehlt.